La Misión de Observación Electoral (MOE), reportó un total de 72 irregularidades que pueden afectar la libertad para el ejercicio del derecho al voto en 16 departamentos y la ciudad de Bogotá. La mayoría de estos reportes se han registrado en: Bogotá (14 reportes), Antioquia (11 reportes), Valle del Cauca (8 reportes), Bolívar (7 reportes) y Cesar (6 reportes).

Estos hechos, están relacionados con la compra de votos con 32 reportes; constreñimiento al sufragante con 25 reportes y 16 reportes según los cuales personas votantes se han acercado a ejercer su derecho al voto, pero al momento de iniciar todo el proceso de votación se percatan de que otra persona ha votado por ellas.

La MOE reportó además o fallas en el proceso de identificación biométrica instaladas en las mesas de votación, lo anterior derivado de inconsistencias entre la validación de la huella de la persona votante y la información registrada en la máquina biométrica. También se presentaron quejas por exhibición o entrega de publicidad durante la jornada electoral.

Además hubo 17 reportes relacionados con problemas en el censo electoral y 9 sobre dificultades para el ejercicio del derecho al voto por parte de personas con discapacidad, dando cuenta de la falta de accesibilidad de los puestos de votación.

Como consecuencia de las afectaciones climáticas durante la jornada electoral fueron trasladados  los puestos de Saunde Curay, Tabacal, Tumaco,  La Vorágine, Arauquita y Arauca.