Con la elección del argentino Jorge Bergoglio como nuevo jerarca de la iglesia católica, renace la polémica sobre sus posibles vínculos con la dictadura militar que su país de origen sufrió durante 1976 y 1983.
Por medio de una investigación periodística, el primado de la Argentina y arzobispo de Buenos Aires, quedó mal parado tras las acusaciones hechas por su presunta colaboración por el secuestro de dos sacerdotes jesuitas, los cuales desempeñaban su trabajo evangelizador en un barrio popular porteño.
La pesquisa se enfoca en demostrar que Bergoglio les pidió a los padres Orlando Yorio y Francisco Jalics que abandonaran su trabajo pastoral en este sector deprimido de la ciudad de Buenos Aires. Como ellos se negaron, les comunicó a los militares que los religiosos ya no contaban con el amparo de la Iglesia, dejándolos a la deriva para una posible captura, con el consiguiente peligro que eso implicaba para sus vidas.
Los padres secuestrados lograron salir con vida luego de cinco meses de estar privados de su libertad, mientras que las cuatro catequistas y dos de sus esposos secuestrados dentro del mismo operativo nunca aparecieron.
Hasta el año 2010, el cardenal nunca quiso salir a responder dicha acusación, tampoco quiso referirse a otras acusaciones sobre supuestos lazos con miembros de la Junta Militar que gobernó Argentina.
