El Sistema TransMilenio inició sus operaciones de manera regular en la mañana del lunes 31 de mayo con manifestaciones en la calle 75 sur con carrera 18 B y en la calle 49 sur con carrera 86, obligando a los servicios de alimentación que transitan por estas zonas hacer desvíos operativos.
El Sistema tiene 52 estaciones inoperativas por no brindar las condiciones de seguridad para los usuarios y la operación debido a actos vandálicos. De éstas, tres (3) estaciones operan en contingencia con esquemas portátiles de validación en horario pico a.m. y p.m. (durante el resto del día permanecerán cerradas por intervenciones para su recuperación).
Las estaciones (3) con operación en contingencia son: León XIII, San Victorino y Ricaurte (por Calle 13). Se encuentran fuera de servicio las estaciones de Patio Bonito, Biblioteca Tintal, Transversal 86, Mandalay, Av. Américas – Av. Boyacá, Marsella, Pradera, Distrito Grafiti, Puente Aranda, Carrera 43, Zona Industrial, CDS-Carrera 32, San Façon – kr 22, De la Sabana, Avenida Jiménez (por la Caracas), Calle 72, Calle 76, Calle 19, Olaya, Socorro, Calle 40 Sur, Fucha, Hortúa, Hospital, Nariño, Quiroga, General Santander, Madelena, NQS calle 30 sur, Venecia, Despensa, León XII, Terreros, San Mateo, Bosa, Av. 1 de Mayo, Policarpa, San Bernardo, San Victorino, Las Nieves, San Diego, Country Sur, Centro Memoria, Modelia, Quirigua, Polo, Escuela Militar, Guatoque- Veraguas, Tigua-San José, Museo del Oro, Suba-Transversal 91, Héroes, Calle 22, Calle 34, Tercer Milenio, Molinos, Ricaurte (Funciona solamente por la NQS), Avenida Chile, Calle 57 y Calle 63.
Por manifestaciones en el Portal 20 de julio se dejan de atender las estaciones entre San Bernardo y el Portal, la flota hace retornos operativos en estación Bicentenario.