En septiembre de 2019 José Fernando Santa dejó de dirigir con el Real Cartagena, que en ese momento estaba encaminado a conseguir el ascenso. Un cáncer de orofaringe lo relegó de las canchas.
A partir del diagnóstico, José Fernando Santa se dedicó a cumplir el estricto calendario de citas y tratamientos para salvar su vida, logro que alcanzó a mitad del 2020.
“Fue un proceso muy fuerte y difícil. El diagnóstico de la enfermedad, la cirugía, la quimioterapia, la radioterapia... Luego la recuperación y los exámenes de control para confirmar que ya estaba sano gracias a Dios… Dejar de trabajar fue muy complicado. La enfermedad llegó de forma sorpresiva para mí, porque no tenía ningún síntoma, ninguna dolencia o afectación… a pesar de lo duro del tratamiento y sentir que no podía más, nunca perdí la fe y las ganas de vivir”, dijo el entrenador en entrevista con el portal Futbolred.
Ahora la pretensión de José Fernando Santa es regresar a dirigir en el Fútbol Profesional Colombiano. Él señaló que mantuvo contacto con dos equipos de la Liga Betplay y uno del Torneo Betplay. De momento no ha podido concretar nada, pero pronto espera volver a dirigir.
Tras consagrarse como uno de los laterales más recordados del fútbol antioqueño con Atlético Nacional -y después de haber dirigido el equipo- el risaraldense también ha sido técnico de Deportivo Pereira, Atlético Huila y Deportivo Pasto.
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