En distintos espacios políticos, judiciales, académicos y de la sociedad civil, los crímenes de lesa humanidad son tema de reflexión por su connotación para calificar la gravedad de ciertos delitos y evitar la prescripción. Es relevante para esta reflexión reconocer que en la práctica su definición, principales características y elementos están todavía en evolución, y que la jurisprudencia mira más allá de conductas especificas al contexto en que ocurren.
Los estatutos y jurisprudencia de los Tribunales Penales Internacionales de Nüremberg, Yugoslavia, Ruanda, Sierra Leona, y Camboya, y el Estatuto de Roma para la Corte Penal Internacional (ratificado por Colombia a través de la ley 742 del 5 de junio de 2002), contemplan los elementos definitorios y las principales características del crimen de lesa humanidad. Los tres primeros tribunales incluyeron las conductas de asesinato, exterminación, esclavitud, deportación, encarcelación, tortura, violación, persecución por motivos políticos raciales, étnicos o religiosos, o cualquier otro acto inhumano. En el Estatuto de Roma se añadieron a tal listado el delito de desaparición forzada y el crimen de apartheid.
A este listado de conductas se agrega el requisito de que se configura el crimen de lesa humanidad siempre que se demuestre una “práctica generalizada o sistemática dirigida contra la población civil”, que se pruebe la relación existente entre la conducta imputada y el contexto y el conocimiento de la naturaleza del ataque por parte del perpetrador es fundamental.
La Convención Americana sobre Derechos Humanos no consagró en su normativa el crimen de lesa humanidad. Sin embargo la Corte Interamericana de Derechos Humanos, en dos sentencias, una de ellas, en el caso Almonacid v. Chile de 26 de septiembre de 2006, determinó que el asesinato de la víctima fue un crimen de lesa humanidad. Reconoció que dicha conducta incluye los actos inhumanos realizados en un contexto de ataque generalizado o sistemático contra una población civil. Concluyó que desde 1973 los crímenes de lesa humanidad, incluido el asesinato, eran violatorios de la norma imperativa de derecho internacional de jus cogens que la imprescriptibilidad no depende de la ratificación de una convención o tratado especial (Tribunal Internacional para la antigua Yugoslavia, caso Prosecutor v. Dusko Tadic).
En Colombia, aunque tienen fundamento constitucional y legal, no se encuentra ninguna referencia a crímenes de lesa humanidad en el Código Penal (Decreto-Ley 100 de 1980 ni en la Ley 599 del 2000). La Sala de Casación Penal de la Corte Suprema de Justicia estableció que tales delitos fueron tipificados en la legislación nacional bajo títulos que protegen bienes jurídicos tradicionales. Reiteró esta postura en el auto de 15 de mayo del 2010 que condenó a César Pérez García a 30 años de prisión por delitos de lesa humanidad por la masacre de Segovia, Antioquia, contra integrantes de la UP, ocurrida la noche del 11 de noviembre de 1988.
La fiscalía colombiana se ha pronunciado en varios otros casos, entre ellos los de Carlos Pizarro, Luis Carlos Galán, Álvaro Gómez, Jineth Bedoya, Carlos Pizarro, Jorge Freytter y Jorge Ortega. Los tres últimos los litiga el Colectivo de Abogados José Alvear Restrepo.
El 20 de abril de 2010 el fiscal sexto de la Unidad de Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario declaró crimen de lesa humanidad el homicidio contra Carlos Pizarro Leóngomez, ocurrido el 26 de abril de 1990 cuando viajaba en un avión comercial de Bogotá a Barranquilla, y ejecutado por agentes estatales y paramilitares. El asesinato ocurrió en un contexto generalizado de violencia planeada y sistemática contra políticos, empresarios y periodistas, y en particular contra los partidos o movimientos políticos de izquierda y sus candidatos a la Presidencia de la República.
El 14 de enero de 2020, el fiscal 76 adscrito a la Dirección Especializada contra las Violaciones a los Derechos Humanos declaró delito de lesa humanidad el asesinato de Jorge Freytter, docente de 51 años y pensionado de la Universidad del Atlántico quien fue secuestrado el 27 de agosto de 2001 en Barranquilla, y encontrado muerto al día siguiente con signos de tortura, en la vía entre esta ciudad y Ciénaga, Magdalena. El crimen fue realizado por paramilitares y agentes del Estado por razones políticas. Hubo un patrón de repetición de actos como las falsas denuncias y persecución penal dentro del periodo de 1997 a 2006, en contra de Freytter y la comunidad universitaria, incluyendo otros homicidios, que evidenciaba un plan sistemático.
El 15 de marzo de 2021, la fiscalía 75 especializada contra violaciones a los derechos humanos, radicado 871, declaró crimen de lesa humanidad el homicidio del sindicalista Jorge Ortega García, ex Vicepresidente Nacional y responsable de derechos humanos de la Central Unitaria de Trabajadores, CUT. Su asesinato ocurrió el 20 de octubre de 1998 en Bogotá por obra de paramilitares, en el marco del paro estatal indefinido iniciado el principio de octubre de 1998 contra el expresidente Andrés Pastrana Arango.
Las tres decisiones de la fiscalía se ajustaron al Estatuto de Roma de la Corte Penal Internacional y a la jurisprudencia de organismos universales, para determinar que las acciones de lesa humanidad son imprescriptibles en la legislación colombiana e internacional. Resaltan la gravedad del delito y los importantes efectos jurídicos, como la imprescriptibilidad y la imposibilidad de aplicar causales de ausencia de responsabilidad, como el cumplimiento de una orden, para evitar el castigo de los responsables.