Franco Filho acaba así su etapa como consejero fiscal de la Empresa Brasileña de Hemoderivados y Biotecnología (Hemobras), a la que llegó a finales de 2020 de la mano del exministro de Salud con Jair Bolsonaro, Eduardo Pazuello.

La reciente detención del que fuera asesor de Bolsonaro, el coronel Mauro Cid, por el caso del fraude de los datos del Ministerio de Salud para manipular los perfiles de vacunación, entre ellos el del expresidente, sacó a la luz un audio en el que se escucha varios militares, entre ellos Franco Filho, hablar sobre cómo poner en marcha un supuesto golpe de Estado contra de Lula.

Los audios, difundidos por CNN Brasil, fueron grabados en diciembre de 2022, y en ellos se escucha a Franco Filho y al también detenido por el escándalo de los datos de vacunación, el mayor Ailton Barros, sobre las consecuencias de un golpe, además de criticar al general Marco Freire Gomes por no sumarse a estos planes.